Sejarah penubuhan asal Pusat Jaminan Kualiti (PJK) adalah rentetan daripada jawatankuasa yang dilantik secara sementara ketika Akademi Tentera Malaysia (ATMA) semasa aktiviti untuk mendapatkan sijil anugerah MS ISO 9001:2000. Sebelum ini, ahli jawatankuasa tersebut lebih dikenali sebagai Ahli Jawatankuasa Induk Unit ISO, yang kemudiannya ditukar nama selaras dengan program CTA (Change To Approval) yang dijalankan selepas Audit Pengawasan 2 oleh pihak Lloyd’s Register Quality Assurance Limited.
Akhirnya, bertitik tolak atas nasihat Yang Berbahagia Naib Canselor Pertama UPNM ketika itu, Dato’ Ir. Ismail bin Samion TUDM, maka tertubuhlah satu pusat yang menggerakkan kerja dan aktiviti-aktiviti yang berkaitan dengan sistem pengurusan kualiti di universiti ini, dan usaha melengkapkan kakitangan mengikut carta organisasi yang dicadangkan masih lagi berterusan.
Pelantikan Wakil Pengurusan (WP) silih berganti yang dimulai dengan Prof. Sabariah, kemudian Mejar Mohaiddin bin Arshad dan Prof. Dr. Tengku Mohd bin Tengku Sembok, seterusnya diketuai oleh TNC (AA) iaitu Prof. Dr. Raduan bin Che Rose. Semasa zaman Prof. Dr. Tengku Mohd bin Tengku Sembok itulah dilantik Pengarah Pertama PJK iaitu En. Hasan Al-Banna bin Mohamed. Begitu juga dengan AJK yang sering bertukar masuk dan keluar. Sehubungan dengan itu, pihak pengurusan memikirkan agar diadakan satu pasukan yang teguh bagi melaksanakan tanggungjawab yang besar ini.
Seterusnya, Pusat Jaminan Kualiti bernaung di bawah Wakil Pengurusan (WP) yang kelima iaitu Prof. Dr. Rugayah binti Mohamed yang kemudian telah melantik Prof. Dr. Faisal bin Haji Ali, Penolong Naib Canselor (Penyelidikan dan Inovasi) untuk menggantikannya. Manakala penasihat Pusat Jaminan Kualiti pada masa itu, adalah Yang Berbahagia Lt Jen Dato Seri Allatif bin Mohd Noor, Naib Canselor UPNM yang ketiga. Kemudian, seorang pengarah telah dilantik berkuat kuasa mulai 01 Mac 2013 iaitu Prof. Dr. Fauziah binti Haji Abdul Aziz bagi menggantikan pengarah terdahulu iaitu Prof. Madya Dr. Omar bin Zakaria yang telah tamat tempoh sebagai Pengarah Kedua dan juga Ketua Unit Kualiti, iaitu Prof. Dr. Wan Md Zin bin Wan Yunus. Kemudian, Pusat Jaminan Kualiti diterajui oleh seorang pengarah baharu bersama enam orang kakitangan yang lain.
Pusat Jaminan Kualiti seterusnya bernaung di bawah Wakil Pengurusan (WP), Dato’ Jesbil Singh@jasbir Singh Sandhu, Penolong Naib Canselor (Jaringan Industri dan Perhubungan Korporat). Manakala Penasihat Pusat Jaminan Kualiti pada masa tersebut adalah Yang Berbahagia Jeneral Tan Sri Dato’ Seri Panglima Hj Zulkifli bin Hj Zainal Abidin, Naib Canselor UPNM. Rentetan itu juga, seorang pengarah turut dilantik bagi kali kedua berkuat kuasa mulai 11 Ogos 2014 iaitu Prof. Madya Hasan Al-Banna bin Mohamed bagi menggantikan pengarah pusat yang telah tamat tempohnya.
Dalam usaha untuk merealisasikan visi dan misi universiti yang memerlukan perancangan dan pelaksanaan strategi yang teratur, khususnya dari segi peningkatan kualiti dalam pentadbiran universiti dan pengurusan data, penggabungan Pusat Jaminan Kualiti (PJK) dan Pejabat Pengurusan Program Institusi (iPMO) menjadi sebuah pusat baru iaitu Pusat Jaminan Kualiti dan Pengurusan Data (PJKPD) telah mendapat kelulusan berdasarkan Mesyuarat Jawatankuasa Eksekutif Naib Canselor (EXCO) BIL. 5/ 2014 pada 09 Oktober 2014 (Khamis). Penubuhan pusat yang baru ini dapat bertindak sebagai one-stop center yang diletakkan di bawah pengurusan Pejabat Naib Canselor bagi melaksanakan hal-hal berkaitan pengurusan kualiti data-data di UPNM supaya dapat diselaraskan dengan lebih berkesan.
Kemudian, Pusat Jaminan Kualiti dan Pengurusan Data (PJKPD) dianggotai oleh seorang Pengarah, seorang timbalan Pengarah, seorang Penolong Pendaftar dan empat orang staf yang bersama-sama menggerakkan urus tadbir pusat ini dengan sebaiknya. Manakala Pengurus Kualiti pula diketuai oleh Yang Berbahagia Prof. Dato' Ts. Dr. Ahmad Mujahid bin Ahmad Zaidi dan penasihat adalah Yang Berbahagia Naib Canselor UPNM yang kelima iaitu Yang Barbahagia Lt Jen Datuk Haji Abdul Halim bin Haji Jalal.
Seterusnya pada tahun 2021 setelah penstrukturan semula, nama Pusat Jaminan Kualiti dan Pengurusan Data (PJKPD) dijenama semula kepada Bahagian Jaminan Kualiti dan Pengurusan Data (BJKPD). Manakala Pengurus Kualiti pula kekal diketuai oleh Yang Berbahagia Prof. Dato' Ts. Dr. Ahmad Mujahid bin Ahmad Zaidi dan penasihat adalah Yang Berbahagia Naib Canselor UPNM yang keenam iaitu Yang Barbahagia Lt Jen Datuk Hasagaya bin Abdullah.
Manakala pada tahun 2022, Pengurus Kualiti diserah kepada Yang Berbahagia Brig Jen Prof. Dr. Ir. Norazman bin Mohamad Nor (Bersara) dan penasihat masih kekal diterajui oleh Yang Berbahagia Naib Canselor UPNM yang keenam iaitu Yang Barbahagia Lt Jen Datuk Hasagaya bin Abdullah.
Terkini pada tahun 2023, Pengarah BJKPD yang baharu telah dilantik iaitu Prof. Madya Dr. Ummul Fahri binti Abdul Rauf bagi menggantikan Pengarah lama (Prof. Dr. Hj. Hasan Al-Banna bin Mohamed) manakala seorang Timbalan Pengarah juga dilantik iaitu Dr. Norzaura binti Abd Rahman. Pengurus Kualiti ialah Yang Berbahagia Brig Jen Prof. Dr. Ir. Norazman bin Mohamad Nor (Bersara) selaku Penolong Naib Canselor (Pengurusan Projek dan Pembangunan Strategi). Penasihat masih kekal diterajui oleh Yang Berbahagia Naib Canselor UPNM yang keenam.