Universiti Pertahanan Nasional Malaysia (UPNM) diwartakan pada 10 November 2006.

Bermula dengan penubuhan Akademi Tentera Malaysia (ATMA) pada 01 Jun 1995 sebagai organisasi yang bertanggungjawab menjalankan program pengajian di peringkat Asasi dan Sarjana Muda dan latihan ketenteraan kepada Pegawai Kadet Angkatan Tentera Malaysia (ATM).

Mempunyai pengalaman mengendalikan program pengajian di peringkat Sarjana Muda selama 11 tahun iaitu dari tahun 1995 hingga 2006 melalui program kerjasama antara Kementerian Pertahanan dengan Universiti Teknologi Malaysia. 

Program merangkumi bidang Kejuruteraan, Sains dan Teknologi Pertahanan, Pengurusan, Perubatan serta Sains Sukan

Bahagian Pengurusan Akademik ditubuhkan pada tahun 2007 iaitu serentak dengan penubuhan UPNM. Sejak dari awal penubuhannya Bahagian Pengurusan Akademik diletakkan di bawah penyeliaan Jabatan Pendaftar kemudian diletakkan dibawah Pejabat Timbalan Naib Canselor Akademik dan Antarabangsa.