Sejarah Universiti Pertahanan Nasional Malaysia (UPNM) bermula dengan penubuhan Akademi Tentera Malaysia (ATMA) pada 1 Jun 1995 sebagai organisasi yang bertanggungjawab menjalankan program pengajian di peringkat Sarjana Muda dan latihan ketenteraan kepada Pegawai Kadet Angkatan Tentera Malaysia (ATM). Peranan ATMA kemudian diperluaskan dengan menjadikannya sebagai UPNM yang diwartakan pada 10 November 2006.

Walaupun UPNM memulakan pengambilan kumpulan pertama pelajarnya pada sesi 2007/2008, sebenarnya ia telah mempunyai pengalaman mengendalikan program pengajian di peringkat Sarjana Muda selama 11 tahun iaitu dari tahun 1995 hingga 2006 melalui program kerjasama antara Kementerian Pertahanan dengan Universiti Teknologi Malaysia di mana seramai lebih kurang 1017 graduan telah dikeluarkan dalam tiga bidang yang merangkumi Kejuruteraan, Sains dan Pengurusan. Disamping memperoleh kelayakan profesional, semua graduan telah ditauliahkan sebagai Pegawai ATM dan mereka sedang berkhidmat di pelbagai unit dalam Tentera Darat, Tentera Laut DiRaja Malaysia dan Tentera Udara DiRaja Malaysia.

UPNM telah ditubuhkan oleh Kerajaan Malaysia pada 21 Jun 2006 bagi mengeluarkan graduan tentera dan awam untuk keperluan pertahanan negara. Perintah perbadanan UPNM telah dikeluarkan pada 6 November 2006 untuk memulakan pengajian akademik sesi 2007/2008. Bagi pengambilan siswa baru sesi 2007/2008 seramai 550 siswa melapor untuk Program Asasi Pertahanan yang terdiri 121 siswa awam dan 350 siswa tentera. Sementara itu, untuk program sarjana muda seramai 130 siswa awam dan 297 siswa Asasi Pertahanan akan mengikuti program sarjana muda di bidang Kejuruteraan, Sains dan Teknologi serta Pengurusan dan Pengajian Pertahanan. Bagi memulakan pengajian sesi 2007/2008 UPNM telah menubuhkan 3 buah fakulti di samping Pusat Asasi Pertahanan iaitu Fakulti Kejuruteraan Pertahanan, Fakulti Sains dan Teknologi Pertahanan serta Fakulti Pengurusan dan Pengajian Pertahanan.

Program akademik yang ditawarkan di fakulti adalah setanding dengan IPTA luar dan dalam negara. Program ini akan dapat menarik minat pelajar kerana ia menyediakan kurikulum yang merangkumi bidang sains dan teknologi pertahanan yang berbentuk hands on. Pengetahuan yang diperolehi boleh diaplikasi kepada aset pertahanan negara seperti kapal tentera laut, pesawat udara dan peralatan ketenteraan dalam Angkatan Tentera Malaysia (ATM). Di samping itu, ia dapat diaplikasikan dalam sektor perindustrian yang berteraskan sains dan teknologi terkini.