KUPENA telah ditubuhkan pada 28 April 2009. Pada peringkat permulaan, KUPENA telah dipengerusikan oleh Y.Bhg. Lt Jen Dato’ Pahlawan Hj Zulkifli bin Hj Zainal Abidin yang merupakan Naib Canselor pada ketika itu sehingga 20 Mei 2010 dengan jumlah anggota seramai 45 orang. Pada tahun kedua, KUPENA telah dipengerusikan oleh Y.Bhg. Lt Jen Dato’ Wira Allatif bin Mohd Noor mulai 21 Mei 2010 sehingga 20 Mei 2013 dan seterusnya Prof. Madya Dr. Abdul Rahman bin Abdul Razak Shaik yang merupakan pengerusi ketiga KUPENA mulai 28 November 2013 sehingga kini. KUPENA telahpun mengadakan sepuluh (11) kali Mesyuarat Agung Tahunan (AGM).

KUPENA telah didaftarkan dengan Suruhanjaya Koperasi Malaysia (SKM) pada 28 April 2009. Matlamat utama penubuhan KUPENA untuk meningkatkan kepentingan ekonomi anggota yang terdiri daripada staf UPNM. Jumlah keanggotaan KUPENA sehingga tahun 2021 seramai 140 orang yang terdiri dalam kalangan Staf UPNM.