Fakulti Sains dan Teknologi Pertahanan (FSTP) ditubuhkan serentak dengan penubuhan UPNM yang memulakan tahun pengajiannya pada Sesi Akademik 2007/2008 bagi melahirkan graduan di peringkat prasiswazah dan pascasiswazah untuk memenuhi keperluan pertahanan dan keselamatan negara terutamanya dalam bidang Sains Nautika, Teknologi Maritim, Keselamatan Komputer dan Sistem Cerdas.
 
Seiring dengan perkembangan teknologi dan keperluan industri masa kini, FSTP telah meneroka beberapa bidang baharu termasuklah Forensik Digital, Keselamatan Siber, Visualisasi dan Simulasi, Logistik dan Pengangkutan Maritim, Pengurusan Pelabuhan dan Penyelidikan Operasi dengan Sains Data.
 
Kini, FSTP memberi tumpuan kepada jalinan kolaborasi bersama kementerian-kementerian dan agensi-agensi yang berkaitan sama ada dalam dan luar negara khususnya agensi pertahanan negara seperti Angkatan Tentera Malaysia dan Agensi Penguatkuasaan Maritim Malaysia, universiti-universiti awam dan swasta, agensi pelabuhan dan perkapalan serta syarikat-syarikat korporat.