Metodologi pembelajaran direka berdasarkan konsep Problem-Based Learning dan Integrated Medical Curriculum Approach. Sistem ini merangkumi syarahan, tutorial, pembelajaran kendiri, latihan makmal, demonstrasi, bedside teaching, Objective Structured Clinical Examination (OSCE), seminar dan kajian komuniti serta disusuli dengan latihan medan (Field Military Medicine Exercise).

Graduan Perubatan UPNM akan menjadi aset berkualiti yang mahir serta berkebolehan memberi khidmat rawatan dalam pelbagai situasi mencabar. Di samping berkhidmat di hospital, mereka juga mampu mengendalikan misi bantuan kemanusiaan di dalam dan luar negara.