Fakulti Sains dan Teknologi Pertahanan (FSTP) ditubuhkan serentak dengan penubuhan UPNM yang memulakan tahun pengajiannya pada sesi akademik 2007/2008 bagi melahirkan graduan tentera dan awam untuk keperluan pertahanan negara terutamanya dalam bidang Sains Nautikal, Teknologi Maritim, Keselamatan Komputer dan Sistem Cerdas.

Selaras dengan penubuhan Fakulti Sains dan Teknologi Pertahanan (FSTP) ini juga, tumpuan diberikan kepada pengajian pasca siswazah. Pada tahun 2014, FSTP akan memberi tumpuan kepada bidang Digital Forensik, Visualisasi dan Simulasi.